【2026年9月から】労基署の残業指導が変わりました｜「月45時間以内」一律指導の見直しと36協定の点検ポイント

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はじめに

「繁忙期はどうしても残業が月45時間を超えてしまう。労基署に来られたらどうしよう」——そんな不安を抱えている経営者の方は多いのではないでしょうか。

2026年8月19日、厚生労働省は時間外労働に関する労働基準監督署の相談・支援および監督指導を見直すと発表しました。運用は2026年9月1日から始まっています。

これまで労基署は、時間外・休日労働の時間数だけに着目して「1か月45時間以内」への削減を一律に求める指導を行ってきました。今後はこれを取りやめ、各事業場が36協定で定めた「健康及び福祉を確保するための措置」が実際に行われているかを重点的に確認する方向に切り替わります。

ただしここで、絶対に誤解してはいけない点があります。法律の上限規制そのものは、まったく変わっていません。

変わったこと・変わらないこと

変わったこと

時間数のみに着目した「月45時間以内」への一律の削減指導を取りやめる
代わりに、36協定で定めた健康・福祉確保措置の実施状況を重点的に確認する
全国の働き方改革推進支援センターに、36協定の締結・特別条項に関する専門相談窓口を設置し、労基署と連携した訪問支援も行う

変わらないこと

時間外労働の上限規制：原則は月45時間・年360時間
特別条項を結んだ場合の上限：年720時間以内、休日労働を含めて単月100時間未満、2〜6か月の平均で月80時間以内、月45時間を超えられるのは年6回まで
罰則：上限を超えた場合、6か月以下の拘禁刑または30万円以下の罰金の対象となり得ます
民事上の安全配慮義務：長時間労働が原因で健康を損なった場合の損害賠償リスクは、行政指導の運用とは別の問題です

つまり今回の見直しは、規制の緩和ではなく、行政の「見る場所」が変わったものと理解するのが適切です。「45時間を超えても指導されなくなった」と受け取ると、法違反と健康障害の両方のリスクを抱えることになりかねません。

労基署が見る「健康・福祉確保措置」とは

特別条項付きの36協定（様式第9号の2）では、限度時間を超えて働かせる労働者に対する健康・福祉確保措置を、次の選択肢から選んで協定することとされています。

医師による面接指導
深夜業（22時〜5時）の回数制限
終業から始業までの休息時間の確保（勤務間インターバル）
代償休日・特別な休暇の付与
健康診断の実施
連続した休暇の取得
心とからだの健康問題についての相談窓口の設置
適切な部署への配置転換
産業医等による助言・指導、保健指導

これから重点的に確認されるのは、「協定書に書いたこの措置を、本当に実施しているか」です。書類上は「相談窓口の設置」と記載しているのに窓口が存在しない、といった状態が最も危ういといえます。

対応としては、協定した措置ごとに実施の記録を残しておくことをおすすめします。面接指導なら実施日と対象者、勤務間インターバルなら勤怠データ、相談窓口なら周知した文書と相談対応の記録、といった具合です。

あわせて点検したい36協定の基本

この機会に、36協定そのものも点検しておきたいところです。中小企業でつまずきやすいのは次の3点です。

① 過半数代表者の選び方

36協定は、労働者の過半数で組織する労働組合、それがなければ労働者の過半数を代表する者と締結します。この代表者は、管理監督者ではないこと、そして投票・挙手・持ち回り決議など民主的な方法で選ばれたことが必要とされています。会社が指名した場合、協定自体が無効と判断されるおそれがあります。選出の経緯がわかる記録を残しておきましょう。

② 有効期間と毎年の届出

36協定の有効期間は1年間とすることが望ましいとされています。期限が切れたまま残業をさせている状態は、それ自体が労働基準法違反となります。更新時期をカレンダーに登録しておくことをおすすめします。

③ 「臨時的な特別の事情」の書き方

特別条項を使うには、限度時間を超える理由を具体的に記載する必要があります。「業務多忙のため」といった記載では不十分とされることが多く、「決算業務の集中」「大規模なクレームへの対応」など、臨時的・突発的であることがわかる書き方が求められます。

まとめ：9月以降のチェックリスト

□ 現在の36協定の写しを手元に用意したか
□ 特別条項で協定した健康・福祉確保措置がどれかを確認したか
□ その措置を実際に実施し、記録を残しているか
□ 有効期間は切れていないか、更新の届出は済んでいるか
□ 過半数代表者は適正な方法で選出され、その記録があるか
□ 単月100時間未満・複数月平均80時間以内を実績ベースで確認できているか
□ 月45時間超が年6回以内に収まっているか

今回の見直しは、裏を返せば「協定した内容を守れているか」がこれまで以上に問われるということでもあります。時間数を抑えることだけでなく、働く人の健康をどう守るかを会社として説明できる状態にしておくことが、これからの労務管理の基本になっていきます。

36協定の内容の点検、健康確保措置の記録の整え方、特別条項の書き方などでお困りのことがありましたら、詳細はお気軽に当事務所までご相談ください。初回のご相談は無料で承っております。

※本記事は2026年9月1日時点の公開情報（厚生労働省「時間外労働等に係る相談・支援及び監督指導を見直します」令和8年8月19日発表等）に基づいています。個別の事案への当てはめは事情により判断が異なる場合がありますので、具体的な対応にあたっては専門家にご相談ください。

社労士事務所LDパートナーズ（千葉市）
代表　社会保険労務士　大城里佳